เขื่อนบนแม่น้ำโขงกำลังส่งผลกระทบต่อระบบนิเวศของลุ่มน้ำโขงอย่างรุนแรง ทั้งขวางทางไหลของตะกอนและกรวด ซึ่งส่งผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของพื้นที่ลุ่มน้ำ ขัดขวางการอพยพของปลาจนเป็นเหตุให้สูญพันธุ์ และอาจทำให้สัตว์น้ำในโขงลดลงกว่า 80% ในอีก 20 ปีข้างหน้า อีกทั้งผู้คนที่พึ่งพิงความอุดมสมบูรณ์ที่มาจากสายน้ำแห่งนี้จะได้รับผลกระทบกว่า 60 ล้านคนใน 4 ประเทศ
ขณะนี้บนแม่น้ำโขงตอนล่าง ส่วนที่ไหลผ่านประเทศลาวและกัมพูชา มีเขื่อนผลิตไฟฟ้าที่เปิดดำเนินการแล้ว 1 แห่ง ได้แก่เขื่อนไซยะบุรี ทางตอนเหนือของลาว และมีเขื่อนอีกแห่งที่กำลังอยู่ระหว่างการก่อสร้าง นั่นคือเขื่อนดอนสะโอง ทางตอนใต้ของลาว แต่นอกจากเขื่อน 2 แห่งนี้ แล้ว ในอนาคตอันใกล้อาจมีการสร้างเขื่อนบนแม่น้ำโขงสายหลักเพิ่มขึ้นอีก 9 แห่ง ทั้งในลาวและกัมพูชา
คณะกรรมาธิการแม่น้ำโขง (Mekong River Commission) ได้เคยศึกษาถึงผลกระทบของการสร้างเขื่อนบนแม่น้ำโขงสายหลัก และพบว่าการสร้างเขื่อนจะส่งผลเสียต่อระบบนิเวศ ความอุดมสมบูรณ์ และวิถีชีวิตของผู้คนในลุ่มน้ำโขงอย่างรุนแรง
รายงานของคณะกรรมาธิการฯ พบว่า การพัฒนาโครงการเขื่อนไฟฟ้าพลังน้ำบนแม่น้ำโขง จะทำให้ปริมาณตะกอนที่ไหลไปถึงสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงลดลงถึง 97% โดยตะกอนเหล่านี้มีความสำคัญในการช่วยเพิ่มสารอาหารและฟื้นฟูความอุดมสมบูรณ์ของระบบนิเวศโดยรวม การขวางตะกอนเหล่านี้ย่อมจะทำให้ลุ่มแม่น้ำโขงมีความอุดมสมบูรณ์ลดลงในระยะยาว
นอกจากนั้น การขาดกรวดและตะกอนเหล่านี้ยังจะส่งผลให้พื้นที่ปลายน้ำประสบกับปัญหาการกัดเซาะตลิ่ง รวมถึงสูญเสียพื้นที่วางไข่ของปลาที่มักใช้ซอกหินต่างๆ เป็นที่วางไข่ด้วย
คณะกรรมมาธิการฯ ยังพบด้วยว่า สัตว์น้ำในแม่น้ำโขงจะได้รับผลกระทบอย่างหนัก โดยคาดการณ์กันว่าชีวมวลด้านประมงในแม่น้ำโขงจะลดลงถึง 40-80% ในระยะเวลา 20 ปีข้างหน้า (ปี 2583) อีกทั้งเขื่อนยังขัดขวางการอพยพของพันธุ์ปลาจำนวนมาก และจะทำให้พันธุ์ปลาจำนวนมากในพื้นที่ของแม่น้ำโขงสูญพันธุ์
และไม่เพียงแต่ชีวิตของสัตว์น้ำเท่านั้น เพราะแม้แต่ผู้คนที่อยู่ริมฝั่งโขงและลุ่มโขงก็จะได้รับผลกระทบไปด้วย โดยมีการคาดการณ์กันว่า การสร้างเขื่อนบนแม่น้ำโขงสุดท้ายแล้วจะกระทบผู้คนกว่า 60 ล้านคนที่พึ่งพาความอุดมสมบูรณ์ของลุ่มน้ำโขงแห่งนี้ ได้แก่ผู้คนใน 4 ประเทศ ได้แก่ ไทย ลาว กัมพูชา และเวียดนาม
