เนติวิทย์ พร้อมแอมเนสตี้ฯ เข้าร้องศาลปกครอง กรณีนายทะเบียนกรุงเทพมหานคร มีคำสั่งไม่รับจดทะเบียนแต่งตั้งตนเป็นกรรมการสมาคมแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนล ประเทศไทย แม้ได้รับเลือกตั้งเป็นกรรมการสมาคมฯ ตั้งแต่กลางปีที่แล้ว
ตัวแทนสมาคมแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนล ประเทศไทย เข้ายื่นฟ้องต่อศาลปกครอง 2 กรณี ได้แก่ 1. กรณีนายทะเบียนสมาคมกรุงเทพมหานคร (อธิบดีกรมการปกครอง) มีคำสั่งไม่รับจดทะเบียนแต่งตั้งนายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล เป็นกรรมการสมาคมฯ เพื่อให้ศาลวินิจฉัยว่าเป็นการใช้อำนาจหน้าที่มิชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ และ 2. ฟ้องร้องนายอนุพงษ์ เผ่าจินดา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยที่วินิจฉัยอุทธรณ์ของสมาคมฯ ล่าช้าเกินกำหนดระยะเวลา โดยฟ้องฐานละเลยการปฏิบัติหน้าที่
นายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล นักกิจกรรมเพื่อสิทธิมนุษยชน ได้รับเลือกตั้้งจากสมาชิกแอมเนสตี้ประเทศไทยให้เป็นกรรมการสมาคมฯ ตั้งแต่ วันที่ 11 มิถุนายน 2562 ในฐานะกรรมการเยาวชน มีการยื่นเรื่องเพื่อจดทะเบียนเปลี่ยนรายชื่อกรรมการสมาคมไปยังนายทะเบียนกรุงเทพมหานครให้ถูกต้องตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์
ข้อมูลจากแอมเนสตี้ระบุว่า สมาคมฯได้รับแจ้งว่า “ไม่อาจรับจดทะเบียนและออกใบสำคัญแสดงการจดทะเบียนการแต่งตั้งกรรมการของสมาคมขึ้นใหม่ทั้งชุดได้ เนื่องจากนายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล มีพฤติการณ์ไม่เหมาะสมหรือขัดต่อคุณสมบัติการเป็นกรรมการ เมื่อมีการอุทธรณ์ไปนายทะเบียนสมาคมจึงรับจดทะเบียนกรรมการ 3 คนยกเว้นเนติวิทย์”
เมื่ออุทธรณ์คำสั่งดังกล่าวไปยังรัฐมนตรีกระทรวงมหาดไทย แอมนสตี้ระบุว่า กระทรวงฯ “พิจารณาเห็นว่า พฤติการณ์ของนายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล อาจขัดกับการบริหารกิจการตามวัตถุประสงค์ของสมาคมที่ดี เป็นประโยชน์ต่อประชาชน และเป็นแนวทางที่เป็นตัวอย่างให้กับบุคคลและเยาวชนทั่วไป เป็นพฤติการณ์ที่ไม่เหมาะสม หรือขัดต่อคุณสมบัติการดำรงตำแหน่งกรรมการสมาคมที่อาจกระทบต่อความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงของประเทศ”
นายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล ถูกดำเนินคดีอาญา ในข้อหา “ร่วมกันฝ่าฝืนคำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 3/2558 เรื่องการรักษาความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงของชาติ ข้อ 12” จำนวน 4 คดี

คำสั่งคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 3/2558 เรื่องการรักษาความสงบเรียบร้อยและความมั่นคงของชาติ ข้อ 12 ปัจจุบัน คำสั่งนี้ถูกยกเลิกแล้วด้วยคำสั่ง คสช. ที่ 22/2561 มีผลวันที่ 11 ธันวาคม 2562
เมื่อปลายเดือนกันยายน 2562 นายเนติวิทย์ โพสต์ชี้แจงผ่านเฟซบุ๊กส่วนตัวว่า ข้อหาดังกล่าวถูกศายกฟ้องไปแล้ว 2 คดี
https://www.facebook.com/netiwit/posts/2548670131863668
“สำหรับข้อหาคดีอาญาจำนวน 4 คดีเรื่องฝ่าฝืนคำสั่ง คสช.ที่ 3/2558 ข้อ 12 นั้น ศาลได้มีคำพิพากษายกฟ้องแล้ว จำนวน 2 คดี และคำสั่ง คสช.ที่ 3/2558 ข้อ 12 ได้ถูกยกเลิกไปแล้ว ทำให้คดีอาญาที่พนักงานสอบสวนตั้งข้อกล่าวหาต่อเนติวิทย์ไม่อาจดำเนินคดีได้อีกต่อไป และศาลไม่อาจพิพากษาและลงโทษให้เนติวิทย์ฯ มีความผิดตามข้อกล่าวหาดังกล่าวได้อีกอีก ดังนั้นการที่นายทะเบียนสมาคมฯ หยิบยกเหตุผลว่า นายเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล ถูกดำเนินคดีอาญาดังกล่าวเป็นเหตุให้ไม่รับจดทะเบียนแต่งตั้งเป็นกรรมการสมาคมฯ จึงเป็นการใช้ดุลพินิจและออกคำสั่งไม่ชอบด้วยกฎหมาย อีกทั้งยังขัดต่อวัตถุประสงค์ของสมาคมฯ ในการปกป้องคุ้มครองสิทธิมนุษยชนด้วย” แอมเนสตี้ อินเตอร์เนชันแนล ประเทศไทย แถลง